Согласно легенде, в Малии царствовал Сарпедон, сын Зевса и Европы и младший брат Миноса.

Археологические раскопки начал вести в 1915 году Иосиф Хадзидакис, сейчас их продолжает Французская Археологическая Школа. Сейчас установлены: минойский дворец, отдельные жилые дома поселения и царский некрополь к северу от дворца в местности Хрисолаккос.

Первый дворец построен около 1900 года до н. э. и разрушен около 1700 года до н. э., после чего был построен новый дворец, также подвергшийся разрушению около 1450 года до н. э. в результате извержения вулкана на острове Санторини.